Lög um Þróunarsjóð sjávarútvegsins féllu úr gildi 1. október 2005 og þá var ákveðið að eignir sjóðsins umfram skuldir skyldu renna til Verkefnasjóðs sjávarútvegsins. Jafnframt var ákveðið að því fé yrði ráðstafað til hafrannsókna.
LS sendi sjávarútvegsnefnd Alþingis umsögn við frumvarpið. Í henni var þeirri skoðun lýst að þar sem ekki væri ljóst um hversu miklar fjárhæðir yrði að ræða að þá væri ekki tímabært að taka afstöðu til þess að þær færu alfarið til hafrannsókna á vegum Hafrannsóknastofnunar.
Í sjávarútvegsnefnd var frumvarpinu breytt þannig að ekki var skilyrt að hafrannsóknir sem fjármagnaðar væru af sjóðnum yrðu á vegum Hafrannsóknastofnunar.
Í lok nóvember var dreift á Alþingi frumvarpi sjávarútvegsráðherra um ráðstöfun fjár úr Verkefnasjóði sjávarútvegsins. Þar er lagt til að megnið af þeim fjármunum sem runnu í sjóðinn frá Þróunarsjóði sjávarútvegsins, 660 milljónir mundu renna í ríkissjóð. Í athugasemdum með frumvarpinu kom fram að þó féð yrði fært úr Verkefnasjóði hefði það ekki áhrif á að því yrði varið til þess sem því var ætlað, hafrannsókna.
Í þeim segir m.a.: „Fé þessu skal varið til hafrannsókna og er því við það miðað að hafrannsóknir verði efldar og fé sem varið er til hafrannsókna aukið. Annars vegar er lagt til að í fjárlögum ársins 2006 verði rammi fjárveitinga Hafrannsóknastofnunarinnar hækkaður um 50 millj. kr. og um 100 millj. kr. frá og með fjárlögum ársins 2007. Enn fremur er gert ráð fyrir að reglum um úthlutun úr Verkefnasjóði sjávarútvegsins verði breytt þannig að á árinu 2006 muni a.m.k. 25 millj. kr. af því fé sem Verkefnasjóðurinn hefur til úthlutunar verða varið til hafrannsókna á samkeppnisgrundvelli. Auglýst verður eftir umsóknum um styrki til hafrannsókna og geta allir sótt um styrk til sjóðsins. Faghópur mun fjalla um umsóknir og meta þær með hliðsjón af vísindalegu gildi rannsóknaverkefnanna. Með þessari tilhögun vinnst tvennt, annars vegar verða hafrannsóknir á vegum Hafrannsóknastofnunarinnar auknar í kjölfar hærri fjárveitinga og hins vegar gefst öðrum aðilum sem starfa utan Hafrannsóknastofnunarinnar færi á að sækja um styrk til Verkefnasjóðs sjávarútvegsins til að stunda hafrannsóknir en sá hópur hefur haft takmarkaðan aðgang að styrkjum til þessa. “
LS lagðist ekki gegn þessari breytingu þar sem fjárhæðirnar yrðu „eyrnamerktar“ hafrannsóknum. Þá var í umsögn LS sérstaklega getið um að nú væri búið að opna leið til rannsókna fyrir áhugasama sjálfstætt starfandi vísindamenn og aðra sem búa yfir þekkingu á lífriki sjávar. Í samtali við sjávarútvegsnefnd var einnig lögð rík áhersla á að hálfu LS að þeir fjármunir sem frumvarpið fjallaði um kæmu til hreinnar viðbótar við það sem samþykkt væri á fjárlögum hverju sinni.
Sl. föstudag 3. mars var frumvarpið afgreitt frá sjávarútvegsnefnd og bíður nú 2. umræðu. Ekki var samstaða í nefndinni um afgreiðsluna og eru nefndarálitin tvö, álit meirihluta og minnihluta.
Í áliti meirihlutans – sjá nánar: http://www.althingi.is/altext/132/s/0834.html er lagt til að frumvarpið verði samþykkt óbreytt, en jafnframt lýsir hann vilja sínum til að sú fjárhæð sem verði varið á þessu ári til hafrannsókna á samkeppnisgrundvelli verði hækkuð um 20 milljónir. Að meirihlutinn: „telur brýnt að Hafrannsóknastofnuninni verði veittar 100 millj. kr. til frambúðar frá og með árinu 2007. Þá lýsir meiri hlutinn yfir þeim vilja sínum að á árinu 2006 verði miðað við að sú fjárhæð sem gert er ráð fyrir að verði varið til sérstakra styrkja til hafrannsókna á samkeppnisgrundvelli, að lágmarki 25 millj. kr., verði allt að 40 millj. kr.“
Minnihluti sjávarútvegsnefndar leggst hins vegar gegn samþykkt frumvarpsins, sjá nánar: http://www.althingi.is/altext/132/s/0857.html
Minnihlutinn „telur nauðsynlegt að verja umtalsvert meira fé til hafrannsókna en gert hefur verið og hefur oft lýst furðu sinni á þeirri stefnu ríkisstjórnarinnar að skera fé til rannsókna á auðlindum hafsins svo við nögl að ekki sé unnt að halda úti nauðsynlegum grunnrannsóknum á hafinu og lífríki þess. Minni hlutinn taldi að það fé sem kom úr Þróunarsjóði sjávarútvegsins og rann í Verkefnasjóðinn væri löngu tímabær viðbót við rannsóknafé á þessu sviði og jafnframt væri opnað fyrir rannsóknir annarra aðila en Hafrannsóknastofnunarinnar. Nú liggur fyrir af hálfu meiri hlutans sú stefnubreyting að svo sé ekki og fjármunir Verkefnasjóðsins skuli gerðir upptækir í ríkissjóð.“
Að lokum er rétt að upplýsa nánar um Verkefnasjóð sjávarútvegsins. Reglur um hann eru á heimasíðu sjávarútvegsins – slóð: http://www.sjavarutvegsraduneyti.is/log-og-reglugerdir/reglugerdir/Ymsar_reglugerdir/nr/878
Þá kemur fram í athugasemdum með frumvarpi sjávarútvegsráðherra að í Verkefnasjóð renna sektir af ólögmætum sjávarafla og tekjur af svonefndum 5% afla. Á árinu 2004 voru tekjur hans að frádregnum afskriftum um 1-2-1 millj. kr. og nam eigið fé í árslok um 45,6 millj. kr. Á árinu 2004 var um 2-9-1 millj. kr. úthlutað til verkefna á vegum Hafrannsóknastofnunarinnar.